Ks. kardynał Józef Glemp – Prymas Polski, 15 września 1986 roku, powierzył ks. Ryszardowi Pruczkowskiemu (ówczesnemu wikariuszowi w parafii katedralnej w Gnieźnie) zadanie utworzenia nowej parafii w Bydgoszczy w dzielnicy Szwederowo-Południe. Parafia miała otrzymać tytuł „Bożego Ciała”.
Kapłan, któremu powierzono tę misję przeprowadził się do Bydgoszczy i zamieszkał w parafii św. Trójcy. Jako wikariusz, zaangażowany w parafii Matki Boskiej Nieustającej Pomocy (przy ul. Ugory 16), rozpoczął starania o utworzenie nowej wspólnoty wiernych dla rejonu obejmującego ulice: M. Konopnickiej, Brzozowej, Chołoniewskiego i towarzyszących im mniejszych.
Władze miasta nie zgodziły się, aby nowy kościół powstał obok budującej się Szkoły Podstawowej nr 63. Parafia otrzymała inny teren przy ul. Jesionowej.

Ks. kardynał Józef Glemp, 1 lipca 1987 roku, wydał dekret ustanawiający parafię p.w. Bożego Ciała. Proboszczem został mianowany ks. Ryszard Pruczkowski.
W wigilię Bożego Narodzenia, 1987 roku, w prowizorycznej betlejemskiej stajence, odprawiona została Pasterska. Od tego dnia parafia rozpoczęła swoje życie liturgiczne.

W ciągu roku zbudowano tymczasową kaplicę z salkami i mieszkaniami dla księży. Przez wiele lat nadal trwały starania o teren pod budowę kościoła.
W 2000 roku parafia otrzymała działkę przy ulicy Jesionowej 20.
Autorem projektu jest architekt Roman Romanowicz.
Prace nad nową świątynią rozpoczęły się 1 sierpnia 2003 roku.

W parafii pracowali księża wikariusze: ks. Marek Rerek, ks. Mieczysław Majdan, ks. Jarosław Zimny, ks. Piotr Kalinowski, ks. Paweł Lepczyk, ks. Krzysztof Madecki, ks. Czesław Uliński, ks. Tomasz Łajca, ks. Maciej Pacanowski, ks. Jarosław Kubiak, ks. Wiesław Skiba.

W 1990 roku, przy kościele powstała pierwsza w diecezji żywa szopka, którą zorganizował ks. Piotr Kalinowski.
Sześciu nowych kapłanów oraz dwie siostry zakonne (nazaretanki) stanowią wielką radość parafii.

Rodzina parafialna żywo uczestniczy w życiu osiedla i całego miasta.

Parafia Bożego Ciała należy do dekanatu Bydgoszcz III, którego dziekanem był wówczas ks. prałat Henryk Berka.

Parafia obejmuje duszpasterską opieką:
  ♦ Związek Sybiraków
  ♦ Związek Więźniów Politycznych Okresu Stalinowskiego
  ♦ Polski Związek Łowiecki
  ♦ Polski Związek Hodowców Gołębi Pocztowych